东方管理研究院实行理事会领导下的院长负责制。

理事会由理事长、副理事长及常务理事、理事若干名组成，理事会成员为国内外对东方管理有深厚造诣的专家学者及热心和支持东方管理研究的社会各界人士。理事会作为研究院的最高领导机构，决定研究院发展规划、机构设置、经费预算及其他重大事项。

研究院设院长一人，负责日常领导工作。并视情况聘请名誉院长若干人。

研究院组建学术委员会，聘请国内外一流管理学家、杰出学者担任学术委员会委员。

东方管理研究院初期拟设立一个办公室和7个研究中心，办公室负责研究院日常运行管理工作，7个研究中心具体为：

复旦大学东方管理研究院众创生态研究中心：主要研究全球商业文明进程中企业创立和发展过程中众筹思想的管理理念和实践。

东方管理理论研究中心：主要研究东方管理思想理论、学科体系等；

东方工商管理研究中心：主要研究东方工商企业的管理特点、方法、东方特色的企业家等；

东方公共管理研究中心：研究东方公共管理、社会管理思想体系及方法、实践；

华商管理研究中心：研究世界各地华商、华人企业的管理思想与实践；

跨文化管理研究中心：研究在全球经济一体化背景下的跨文化管理理论与实践。

中国商业文明研究中心：研究中国商业形态、商业制度、商业模式、中国企业发展历程等。